Η κατανομή των θέσεων στο χώρο δείχνει ότι οι πρώτοι γεωργοκτηνοτροφικοί οικισμοί βρίσκονταν σε παράκτιες ή μεσόγειες περιοχές, πεδινές ή λοφώδεις, κοντά στις οποίες υπήρχαν υδάτινες πηγές (λίμνες, ποτάμια, ρέματα, πηγές). Πρόκειται στην πλειοψηφία τους για υπαίθριους οικισμούς, ενώ αξιοσημείωτη, ιδιαίτερα κατά τις τελευταίες φάσεις της Νεολιθικής, είναι και η κατοίκηση των σπηλαίων.
Η πυκνότητα των οικισμών διαφέρει κατά περιοχές. Για παράδειγμα οι μεγάλες και εύφορες πεδιάδες της Θεσσαλίας και Μακεδονίας είναι περισσότερο πυκνοκατοικημένες από τις ημιορεινές περιοχές της νότιας Ελλάδας και από τα νησιά. Επίσης η πυκνότητα των οικισμών δεν παραμένει αμετάβλητη σε όλες τις περιόδους της Νεολιθικής. Τοπικές γεωμορφολογικές μεταβολές, όπως άνοδος της θαλάσσιας στάθμης, καθώς και φυσικές καταστροφές, όπως πλημμύρα ποταμών, έχουν άμεσες επιπτώσεις στην οικονομία και καθορίζουν την περαιτέρω οικιστική συμπεριφορά του νεολιθικού ανθρώπου.

Η έκταση των νεολιθικών οικισμών δεν είναι γνωστή, μια και κανένας από τους μέχρι τώρα γνωστούς δεν έχει ανασκαφεί πλήρως. Από τους πληρέστερα ερευνημένους οικισμούς (π.χ. Σέσκλο, Διμήνι, Μακρύγιαλος) προκύπτει ότι η έκτασή τους κυμαινόταν από μισό έως έξι στρέμματα. Οι πρώτες γεωργοκτηνοτροφικές κοινότητες εκτιμάται ότι αριθμούσαν 100 έως 300 άτομα.

Η οργάνωση και αρχιτεκτονική μορφή των οικισμών διαφέρει κατά περιοχές και κατά περιόδους. Kατά την Αρχαιότερη Νεολιθική οι οικισμοί αποτελούνται από πασσαλόπηκτες καλύβες, ενώ από τη Μέση Νεολιθική κτίζονται σπίτια με λίθινα θεμέλια και τοίχους από ωμές πλίνθους (άψητα τούβλα από μίγμα πηλού και άχυρου). Τα σπίτια είναι μονόχωρα ή διαθέτουν και ανοιχτό ή κλειστό προθάλαμο ("τύπος μεγάρου"). Είναι κτισμένα ανεξάρτητα το ένα από το άλλο, ισόγεια κατά κανόνα, ενώ υπάρχουν ενδείξεις για χρήση και διώροφων οικημάτων. Αρκετοί οικισμοί περιβάλλονται από τάφρους ή λίθινους περιβόλους (π.χ. Άργισσα, Διμήνι), η λειτουργία των οποίων παραμένει ασαφής: προστατευτική ή δήλωση ορίων του οικισμού;