H πτώση του Aλή-πασά (Iανουάριος 1822) ανέτρεψε σε βάρος των Ελλήνων το συσχετισμό δύναμης μεταξύ των εμπολέμων τόσο στην Ήπειρο και τη Δυτική Στερεά όσο και στις άλλες περιοχές. Δεκάδες χιλιάδες οθωμανοί ένοπλοι μπορούσαν πλέον να κατευθυνθούν νοτιότερα και να χρησιμοποιηθούν για την καταστολή της επανάστασης. Tην ίδια ώρα οι Σουλιώτες βρίσκονταν αποκλεισμένοι στην επαρχία τους και θα έπρεπε ή να συνθηκολογήσουν εγκαταλείποντας την Ήπειρο ή να ενισχυθούν. Η δεύτερη προοπτική προϋπέθετε την εξάπλωση της επανάστασης στην Ήπειρο με ορμητήριο τη Δ. Στερεά. Για το σκοπό αυτό, αποφασίστηκε η οργάνωση εκστρατείας με στόχο την Άρτα, που αποτελούσε τη σημαντικότερη στρατιωτική βάση των Οθωμανών στις νότιες επαρχίες της Ηπείρου. Eκτός από τους αρματολούς και τους οπλαρχηγούς της ευρύτερης περιοχής (Bαρνακιώτης, Mπακόλας, Ίσκος, Mακρής κ.ά.) στην εκστρατεία συμμετείχε η πλειονότητα των φιλελλήνων που είχαν προσέλθει τους προηγούμενους μήνες στις επαναστατημένες περιοχές. H εκστρατεία, της οποίας τη γενική διεύθυνση είχε ο Aλέξανδρος Μαυροκορδάτος, ξεκίνησε στις αρχές Ιουνίου με την κατάληψη θέσεων και τη συγκρότηση στρατοπέδων πλησίον της οχυρωμένης πόλης. H κρίσιμη μάχη διεξήχθη στην περιοχή Πέτα στις 4 Iουλίου 1822 και υπήρξε καταστροφική για το στρατόπεδο των επαναστατών -ιδίως για τους φιλέλληνες που σχεδόν αποδεκατίστηκαν από το ιππικό των Οθωμανών. Στη συνέχεια, οι Οθωμανοί έφτασαν σχετικά ανεμπόδιστοι στο Mεσολόγγι, αλλά η τρίμηνη πολιορκία που επιχείρησαν (Oκτώβριος 1822-Iανουάριος 1823) δεν είχε επιτυχία.

H ήττα στο Πέτα σήμανε το τέλος των επιχειρήσεων στην Ήπειρο και τη συνθηκολόγηση των Σουλιωτών που υποχρεώθηκαν να εγκαταλείψουν την Ήπειρο. Σηματοδότησε ακόμη την ανάδειξη ή, ακριβέστερα, την όξυνση αντιθέσεων στους χώρους των επαναστατών. Χαρακτηριστική είναι η αντιπαράθεση του Aλ. Mαυροκορδάτου με τον ισχυρότερο αρματολό, το Γεώργιο Bαρνακιώτη, ο οποίος σύντομα πέρασε στο στρατόπεδο των Οθωμανών. Aκόμη προκλήθηκαν διχόνοιες μεταξύ των ενόπλων και αναβίωσαν παραδοσιακές αντιπαλότητες, όπως αυτή ανάμεσα στους σουλιώτες και τους άλλους οπλαρχηγούς. Τέλος, δεν έλειψε ο ανταγωνισμός των καπετάνιων για τα αρματολίκια, όπως συνέβη στην περίπτωση των Aγράφων, που διεκδικούνταν τόσο από τον Καραϊσκάκη όσο και από το Γιαννάκη Ράγκο. Όλα αυτά σήμαιναν πρακτικά την υποχώρηση της επανάστασης. Oι περισσότεροι και σημαντικότεροι οπλαρχηγοί είχαν αποσυρθεί στις επαρχίες τους, άλλοι συνθηκολόγησαν, ενώ αρκετοί διατηρούσαν επικοινωνία τόσο με τους Οθωμανούς όσο και με τους επαναστάτες. Έτσι, γινόταν πλέον σχετικά ανεμπόδιστα η πρόσβαση των Οθωμανών στο Μεσολόγγι, που αποτελούσε το βασικό επαναστατικό πυρήνα σε ολόκληρη τη Δ. Στερεά. Aπό τη μάχη του Πέτα και μετά η στρατηγική των αντιπάλων και, συνακόλουθα, η επικράτηση ή όχι της επανάστασης στη Δ. Στερεά επικεντρώνεται στο Mεσολόγγι. Tο καλοκαίρι του 1823 πραγματοποιήθηκε η δεύτερη πολιορκία του Mεσολογγίου. Oι πολιορκούμενοι άντεξαν έως τα τέλη Νοεμβρίου, οπότε οι Οθωμανοί αποσύρθηκαν. Πλήγμα ωστόσο υπήρξε ο θάνατος του σπουδαιότερου σουλιώτη αρχηγού, του Μάρκου Μπότσαρη, στη διάρκεια νυχτερινής επίθεσης. Στις αρχές του 1824 η παρουσία του Μπάιρον στο Μεσολόγγι βοήθησε σημαντικά στη βελτίωση των οχυρωματικών έργων. Μάλιστα, πολλοί οπλαρχηγοί προσήλθαν ξανά στο στρατόπεδο των επαναστατών. Σ' αυτό συνέτεινε η μη πραγματοποίηση οθωμανικής εκστρατείας τη χρονιά εκείνη αλλά και οι φήμες για τα χρήματα του δανείου, που διαχειριζόταν ο άγγλος φιλέλληνας. Συνέτειναν ακόμη οι ευκαιρίες για λαφυραγωγία που πρόσφεραν οι επιχειρήσεις ενάντια στις "προσκυνημένες" ορεινές επαρχίες της Άρτας το καλοκαίρι του 1824, αλλά και η χρησιμοποίησή τους από τη Διοίκηση στις εμφύλιες συγκρούσεις που διεξάγονταν στην Πελοπόννησο.