Η επαναστατική αναταραχή στην ηπειρωτική Ελλάδα δεν έπαψε με την ίδρυση του ελληνικού κράτους. Μια διαρκής έκνομη συμπεριφορά στην ύπαιθρο, η οποία συνδέθηκε με το φαινόμενο της ληστείας, υπέσκαπτε την όποια νομιμοφροσύνη των πληθυσμών που διαβιούσαν στις οθωμανικές επαρχίες της ελληνικής χερσονήσου. Ανεξάρτητα από τις αφορμές, οι εξεγέρσεις συνδέονται με την επιθυμία των ελληνικών πληθυσμών για την ένταξή τους στο ελληνικό κράτος και αποτελούν εκδηλώσεις του Ανατολικού Ζητήματος.

Η πρώτη σημαντική εξέγερση ξεκίνησε στην Ήπειρο λίγο πριν από τον Κριμαϊκό πόλεμο, με τον οποίο τελικά συνδέθηκε. Ύστερα από μια περίοδο οικονομικής πίεσης και τρομοκρατίας οι κάτοικοι του Ραδοβιτσίου στην Ήπειρο συγκεντρώθηκαν στις 15 Ιανουαρίου 1854 και αποφάσισαν να κηρύξουν ένοπλο αγώνα μέχρι να "(αποδιώξουν) τους τυράννους οσμανλίδας από την γη των πατέρων (τους αποκαθιστώντας) ελευθέραν την πατρίδαν...", όπως αναφέρει η προκήρυξη.
Οι πολεμικές επιτυχίες των επαναστατών προκάλεσαν εξεγέρσεις και σε άλλες περιοχές της Ηπείρου. Στη συνέχεια, των εξεγέρσεων ηγήθηκαν έλληνες αξιωματικοί που διατηρούσαν παραδοσιακά στενές σχέσεις με την περιοχή, όπως ο υπολοχαγός Σπυρίδων Καραϊσκάκης, ο υποστράτηγος Θεόδωρος Γρίβας και εθελοντές από την Ελλάδα και τα Επτάνησα. Παρά τις αρχικές νίκες τους οι επαναστάτες νικήθηκαν στη Σκουληκαριά το Μάιο του 1854 και η αναταραχή έληξε με την πυρπόληση χωριών της περιοχής και την εκδίωξη πολλών κατοίκων.

Στη Θεσσαλία με τους εξεγερμένους ντόπιους συντάχθηκε ο υπασπιστής του Όθωνα Χριστόδουλος Χατζηπέτρος από το Φεβρουάριο του 1854, ενώ αργότερα δραστηριοποιήθηκε και ο αξιωματικός της χωροφυλακής Νικόλαος Φιλάρετος στο Πήλιο. Γύρω από το Χατζηπέτρο συγκεντρώθηκαν πολλοί εθελοντές από την Πελοπόννησο, τη Μακεδονία και την Κρήτη. Ο Χατζηπέτρος κέρδισε πολλές μάχες και έφτασε ως τα Τρίκαλα, προτού, όντας αποκομμένος από την Ελλάδα και μπροστά σε μεγάλες ενισχύσεις του εχθρού, αναγκαστεί να γυρίσει στη Λιβαδιά στις 29 Ιουνίου 1854.

Στη Δ. Μακεδονία έδρασε ο Θεόδωρος Ζιάκας, ο οποίος αναγκάστηκε το Μάιο να αποχωρήσει αφήνοντας την επαρχία των Γρεβενών, όπου επακολούθησε "χαλασμός". Η πιο έντονη δραστηριότητα αναπτύχθηκε τον Απρίλιο του 1854, από τον αναγορευμένο σε αρχιστράτηγο της Μακεδονίας, πρώην υπασπιστή του βασιλιά, Τσάμη Καρατάσο. Ο Καρατάσος αποβιβάστηκε στη Χαλκιδική και εναντίον του στράφηκαν τα πυρά και των Γάλλων, οι οποίοι φοβήθηκαν την είσοδό του στη Θεσσαλονίκη. Ύστερα από μια σύντομη κατάληψη των Καρυών του Αγίου Όρους, χωρίς εφόδια και επαφή με το αθηναϊκό κέντρο, αναγκάστηκε να εγκαταλείψει μαζί με λίγους συντρόφους του το Όρος, με ένα γαλλικό πολεμικό.
Οι πρόξενοι των Δυνάμεων ανέλαβαν να προστατέψουν τους αμάχους και τους ντόπιους πολεμιστές που τον στήριξαν. Η αποτυχία του Καρατάσου ανάγκασε και τους μακεδόνες οπλαρχηγούς που είχαν ξεσηκωθεί στην περιοχή του Ολύμπου να επιστρέψουν στην Ελλάδα.

Απέναντι στις εξεγέρσεις το ελληνικό κράτος στάθηκε σιωπηρά θετικό. Παρά τις παραινέσεις προς τον Όθωνα από τους πρέσβεις της Αγγλίας και της Γαλλίας και από το Ναπολέοντα Γ΄, εκείνος δεν αποκήρυξε ούτε τιμώρησε τους επαναστάτες αξιωματικούς του. Η Πύλη διέκοψε τις διπλωματικές σχέσεις με την Αθήνα (10 Μαρτίου 1854) και στα σύνορα ο στρατός ζούσε έναν πολεμικό πυρετό. Στην Ελλάδα ο λαός κινητοποιούνταν υπέρ του πολέμου και ο βασιλιάς ετοιμαζόταν να αναλάβει κάθε κίνδυνο.
Οι πρεσβευτές της Αγγλίας και της Γαλλίας από τις 30 Μαρτίου ανήγγειλαν επίσημα τον έλεγχο και την κατάσχεση εφοδίων προς τους επαναστάτες. Ύστερα από αυστηρές διακοινώσεις η Αγγλία και η Γαλλία προέβησαν σε ναυτικό αποκλεισμό των ελληνικών λιμανιών και σε στρατιωτική κατάληψη του Πειραιά στις αρχές Μαΐου του 1854. Η κίνηση αυτή ανάγκασε τον Όθωνα να διακηρύξει την ουδετερότητα της Ελλάδας (14 Μαΐου 1854) και να διορίσει μια κυβέρνηση επιθυμητή στις δυνάμεις κατοχής υπό τον Αλέξανδρο Μαυρογορδάτο.

Η νέα κυβέρνηση με αυστηρά μέτρα και πιέσεις κατάφερε την επάνοδο όλων των παραιτηθέντων εξεγερμένων αξιωματικών. Οι διπλωματικές σχέσεις με την Οθωμανική Αυτοκρατορία αποκαταστάθηκαν με τη συνθήκη του Κανλιτζά το Μάιο του 1855.
Η τραγικότερη συνέπεια του αποκλεισμού και της κατοχής που κράτησε ως το Φεβρουάριο του 1857 ήταν ένας τρομερός λoιμός που άφησε πολλούς νεκρούς και ένα πλήθος ορφανά παιδιά.