Η άνοδος του τουρκικού εθνικισμού και οικονομικά συμφέροντα συνδεόμενα σε μεγάλο βαθμό με την οικονομική διείσδυση της Γερμανίας στην Οθωμανική Αυτοκρατορία οδήγησαν σε συστηματικούς διωγμούς του ελληνικού στοιχείου που διήρκεσαν από το 1913 ως τη Μικρασιατική Εκστρατεία.

Οι διωγμοί μπορούν να διακριθούν σε τρεις φάσεις ως προς το είδος, την ένταση και το αποτέλεσμά τους.

Έτσι, στο διάστημα 1913-14 έχουμε την πρώτη φάση διωγμών. Οι σχέσεις Ελλάδας-Τουρκίας ήταν τότε σε ένταση εξαιτίας της κατακύρωσης των νησιών του βορειοανατολικού Αιγαίου στην Ελλάδα. Οι διωγμοί άρχισαν με τη βίαιη εκτόπιση των Ελλήνων της ανατολικής Θράκης, ενώ από το Μάιο του 1914 επεκτάθηκαν και στη δυτική Μικρά Ασία. Στη θέση των Ελλήνων εγκαταστάθηκαν τούρκοι πρόσφυγες από τα εδάφη που έχασε η Τουρκία στους Βαλκανικούς Πολέμους. Μεθοδευμένοι από τους Γερμανούς, οι διωγμοί έδιωξαν τότε 130.000 Έλληνες από την περιοχή της Ερυθραίας. Πολλοί κατέφυγαν στην Ελλάδα, ενώ οι υπόλοιποι μεταφέρθηκαν στο εσωτερικό της Μικράς Ασίας. Τότε αποφασίστηκε και μερική ανταλλαγή των πληθυσμών, ενώ Μεικτή Επιτροπή δημιουργήθηκε για την εκτίμηση της περιουσίας των ανταλλαξίμων. Σύμφωνα με τη στατιστική του Οικουμενικού Πατριαρχείου, 153.890 Έλληνες εκτοπίστηκαν στο εσωτερικό από τα παράλια της Μικρασίας ως τα τέλη του 1914.

Η δεύτερη φάση των διωγμών εγκαινιάζεται με την εμπλοκή της Τουρκίας στον Α' Παγκόσμιο Πόλεμο. Εκδηλώθηκε αρχικά με εξοντωτική οικονομική αφαίμαξη των Ελλήνων για τις ανάγκες του πολέμου. Άλλο μέτρο, το οποίο αρχικά προβλήθηκε ως εφαρμογή της αρχής της ισότητας ανάμεσα στις εθνότητες της αυτοκρατορίας, ήταν οι στρατιωτικές υποχρεώσεις του αντρικού πληθυσμού από 20 έως 45 ετών, ενώ οι μεγαλύτεροι θα επάνδρωναν τα περίφημα αμελέ ταμπουρού, τα τάγματα εργασίας, που σήμαινε αγγαρεία σε λατομεία, αγρούς, ορυχεία και δημόσια έργα στο εσωτερικό της Μικρασίας. Οι κακουχίες εξόντωσαν πολλούς Έλληνες. Υπολογίζεται ότι 250.000 Έλληνες έχασαν τη ζωή τους σε αυτά τα εργατικά τάγματα ως το τέλος του 1918. Άλλο μέτρο ήταν οι εκ νέου μετατοπίσεις από τα παράλια στο εσωτερικό, με σκοπό τη διαφοροποίηση της εθνολογικής σύστασης των παραλίων, καθώς κυκλοφορούσε η φήμη για παραχώρηση των περιοχών στην Ελλάδα από τους Συμμάχους. Οι πορείες ήταν τόσο εξαντλητικές και προσχεδιασμένα εξοντωτικές που λίγοι έφτασαν στον προορισμό τους, σε περιοχές με αμιγή τουρκικό πληθυσμό. Εκεί οι περισσότεροι εξαναγκάστηκαν σε εξισλαμισμό. Το σύνολο των θυμάτων των διωγμών, νεκροί και εκτοπισμένοι, τα χρόνια αυτά υπολογίζονται σε 750.000.

Η τρίτη φάση των διωγμών συμπίπτει χρονικά με τη Μικρασιατική Εκστρατεία και κορυφώνεται με την οριστική Καταστροφή του μικρασιατικού Ελληνισμού το Σεπτέμβρη του 1922.