Το σπήλαιο Φράγχθι Ερμιονίδας διασώζει μία καλά στρωματογραφημένη και χρονολογημένη διαδοχή, από την Ανώτερη Παλαιολιθική μέχρι και τη Νεολιθική εποχή, της οποίας έχουν μελετηθεί όλες οι παράμετροι (κατοίκηση, διατροφή, τεχνολογία, περιβάλλον). Γι’ αυτό και η θέση αυτή παρέχει τη μοναδική για τον ελλαδικό χώρο ευκαιρία προκειμένου να κατανοήσουμε πώς έγινε η μετάβαση από την τελευταία Παγετώδη στη Μεσοπαγετώδη στην περιοχή του Αιγαίου.

Η αναλυτική μελέτη των βοτανικών καταλοίπων από το σπήλαιο Φράγχθι έγινε από την παλαιοεθνοβοτανολόγο Julie Hansen. Σύμφωνα με τα αποτελέσματα της έρευνας:

• Κατά την περίοδο της Παγετώδους (Ζώνη Ι, 25.000-17.000 π.σ.) η βλάστηση γύρω από το σπήλαιο είναι ποώδης, αντιπροσωπευτική συνθηκών στέππας (π.χ. λιθόσπερμο το κοινό κ.ά.), ενώ δεν υπάρχει δασώδης βλάστηση.

• Κατά το διάστημα της ύστερης Παγετώδους (Late Glacial, 13.000-11.000 π.σ., Ζώνη ΙΙ), όταν το κλίμα αρχίζει αισθητά να θερμαίνεται, παρατηρείται μία σημαντική αύξηση της δενδρώδους βλάστησης εις βάρος της στέππας. Για πρώτη φορά οι κάτοικοι του σπηλαίου συλλέγουν από το γύρω τους περιβάλλον και χρησιμοποιούν δημητριακά, όσπρια και καρπούς άγριας μορφής, όπως είναι το κριθάρι, η βρώμη αλλά και η φακή, η αγριομυγδαλία, ο σχίνος, η μελικουκιά και η αγριαμπελιά. Οι σπόροι που ανευρέθησαν στη φάση αυτή υποδηλώνουν μεγάλη ποικιλία βλάστησης και ενδιαιτημάτων στην περιοχή γύρω από το σπήλαιο.

• Όσο θερμαίνεται το κλίμα (Ζώνη ΙΙΙ, 9500-9000 π.σ.) η δενδρώδης βλάστηση υπερτερεί, αν και παραμένει δύσκολο να εκτιμηθεί η αναλογία δάσους-στέππας. Η συλλογή άγριας μορφής δημητριακών και οσπρίων επιτείνεται, γεγονός που υποδηλώνει εντατικότερη συλλογή και αποθήκευση άγριων σπόρων και καρπών από το κοντινό περιβάλλον. Τέλος, από την παρουσία οστών κόκκινου ελαφιού και αγριόχοιρου στη ζώνη αυτή, συμπεραίνεται ότι τα υψηλότερα σημεία ήταν καλυμμένα με αραιούς δενδρώνες από δρυς, ενώ γύρω από τη σπηλιά κυριαρχούσαν σχίνοι, αγριαμυγδαλιές ανάμεικτα με ποώδη και άγρια δημητριακά.