Στην Αρχαιότητα, το Ηράκλειο της Κρήτης ήταν ένας μικρός οικισμός κοντά στην Κνωσό, ενώ κατά τη Ρωμαϊκή περίοδο το Ηράκλειο αποτέλεσε, σύμφωνα με μαρτυρίες, το επίνειο της Κνωσού. Το 824 έπεσε στα χέρια των Σαρακηνών, οι οποίοι χρησιμοποίησαν την πόλη ως ορμητήριο πειρατικών επιθέσεων. Το 961 οι Βυζαντινοί επιτέθηκαν στην πόλη και διατήρησαν την κυριαρχία τους μέχρι το 1204, οπότε και την παρέδωσαν στους Ενετούς. Οι Ενετοί βελτίωσαν τις οχυρώσεις της πόλης, μέρος των οποίων είναι ορατές και σήμερα. Το 1669, μετά από πολιορκία που κράτησε είκοσι δύο χρόνια, η πόλη παραδόθηκε στους Οθωμανούς. Το 1913, μαζί με ολόκληρη την Κρητική Πολιτεία, προσαρτήθηκε στο ελληνικό κράτος. Μεγάλες προσωπικότητες κατάγονται από την πόλη του Ηρακλείου, όπως, ο Δομήνικος Θεοτοκόπουλος και ο Νίκος Καζαντζάκης.