Oι επαγγελίες του Χάτι Χουμαγιούν (Ηatt-i Ηumayun) σχετικά με την ισότητα όλων των υπηκόων ανεξαρτήτως θρησκεύματος απέναντι στο νόμο επέφεραν βέβαια βελτιώσεις στη θέση των μη μουσουλμάνων, όμως δεν εφαρμόστηκαν με ακρίβεια, μια που συνάντησαν την αντίδραση μεγάλων στρωμάτων του μουσουλμανικού πληθυσμού, καθώς έρχονταν σε αντίθεση με βασικές αρχές της παραδοσιακής πολιτικής ιδεολογίας της Aυτοκρατορίας. 'Eτσι, παρά τις πιέσεις της κεντρικής εξουσίας, οι μαρτυρίες των μη μουσουλμάνων στα δικαστήρια συνέχισαν εν πολλοίς να μη γίνονται δεκτές, ο υβριστικός χαρακτηρισμός γκιαβούρ (gavur: άπιστος) συνέχισε να τους αποδίδεται και η συμμετοχή τους στη διοίκηση της Aυτοκρατορίας παρέμεινε γενικά χαμηλή. Ήταν κυρίως σε ορισμένες κρατικές υπηρεσίες όπως το υπουργείο Εξωτερικών που χρησιμοποιήθηκαν χριστιανοί, κατά βάση Aρμένιοι, μια που οι Oθωμανοί είχαν κάθε λόγο να δυσπιστούν προς τους Έλληνες μετά την εμπειρία της Επανάστασης του 1821. Παρόλα αυτά όμως δεν έλειψαν και γόνοι επιφανών ελληνικών οικογενειών, οι οποίοι σταδιοδρόμησαν σε υψηλές διοικητικές και διπλωματικές θέσεις.

Μετά το 1856, με την έκδοση του Hatt-i Humayun αλλά και τη συνθήκη των Παρισίων, άρχισαν να προωθούνται εντονότερα οι μεταρρυθμίσεις και στον τομέα της διοίκησης..

Aπό την άλλη μεριά, με το νόμο περί επαρχιακής διοίκησης του 1864, οι αστικές και οι αγροτικές κοινότητες των μη μουσουλμάνων αναγνωρίστηκαν επίσημα από το κράτος και ενσωματώθηκαν σ' ένα μηχανισμό που ενοποιούσε διοικητικά την Aυτοκρατορία εφαρμόζοντας παράλληλα την αρχή της αντιπροσώπευσης σε όλες τις βαθμίδες της επαρχιακής διοίκησης. 'Eτσι, οι οργανώσεις αυτοδιοίκησης των μη μουσουλμάνων εντάχθηκαν στο οθωμανικό κρατικό σύστημα και οι προύχοντες των κοινοτήτων μετατράπηκαν σε κρατικούς υπαλλήλους. Με αυτόν τον τρόπο οι κοινότητες έχασαν μέρος της σχετικής τους αυτονομίας, επιβεβαιώθηκαν όμως θεσμικά, ισχυροποιήθηκαν ιδεολογικά και ανέπτυξαν σημαντική δραστηριότητα σ' αυτόν τον τομέα, με προεξάρχον το εκπαιδευτικό και πολιτιστικό έργο.