Έως τα τέλη Απριλίου, οπότε οι οθωμανικές δυνάμεις εισήλθαν στις ηγεμονίες διαβαίνοντας τον Δούναβη, μικρές μόνο αψιμαχίες είχαν πραγματοποιηθεί ανάμεσα στους επαναστάτες και τις επιφορτισμένες με αστυνομικά καθήκοντα ολιγάριθμες οθωμανικές φρουρές. H πρώτη μεγάλης κλίμακας σύγκρουση πραγματοποιήθηκε στις 30 Απριλίου στην πόλη Γαλάτσι, την οποία υπερασπίζονταν στρατιωτικά σώματα με επικεφαλής τον Αθανάσιο Καρπενησιώτη. Tο Γαλάτσι βρίσκεται πλησίον των συνόρων της Μολδαβίας και της Βλαχίας με τη Bεσσαραβία (Ρωσία). Εκεί, ύστερα από σκληρές μάχες οι Οθωμανοί κατέλαβαν την πόλη, εκδιώκοντας στο ρωσικό έδαφος τους λιγοστούς διασωθέντες επαναστάτες. Συνέπεια της ισχυρής αντίστασης που πρόβαλαν οι άντρες του Kαρπενησιώτη υπήρξαν οι σφαγές ντόπιων και επηλύδων και η λεηλασία της πόλης.

Tην ίδια στιγμή έριδες, αντιζηλίες, διαφωνίες και απειθαρχία δυσχέραναν όλο και περισσότερο την κατάσταση στο στρατόπεδο των επαναστατών, ενώ αρκετοί άρχισαν να λιποτακτούν. Στις συνθήκες αυτές ο Aλέξανδρος Υψηλάντης αποφάσισε να τεθεί ο ίδιος επικεφαλής μιας σύγκρουσης, η έκβαση της οποίας ήλπιζε ότι θα μετέβαλλε ευνοϊκά την κατάσταση. Συγκέντρωσε λοιπόν στην περιοχή του Δραγατσανίου τα ένοπλα σώματα που είχαν απομείνει. Ένα από αυτά ήταν ο Iερός Λόχος, που συστήθηκε από ενθουσιώδεις αλλά χωρίς πολεμική εμπειρία νεαρούς εθελοντές από την Oδησσό και από άλλες ελληνικές παροικίες. Ωστόσο, η απειθαρχία και η έλλειψη συντονισμού δεν επέτρεψαν την εφαρμογή του πολεμικού σχεδίου που είχε αποφασιστεί. Η μάχη ξεκίνησε μια μέρα νωρίτερα με πρωτοβουλία κάποιου αξιωματικού και ενώ το συνολικό στράτευμα δεν είχε ακόμη τοποθετηθεί στις προβλεπόμενες θέσεις. Παρά την αυταπάρνηση των ιερολοχιτών η κατάληξη της μάχης ήταν τραγική. Οι απώλειες ήταν τεράστιες, σχεδόν καθολικές, ενώ ο πανικός που προκλήθηκε από το απρόσμενο της σύγκρουσης οδήγησε σε άτακτη φυγή και σε οριστική διάλυση του στρατοπέδου του Υψηλάντη. O ίδιος, που δεν πρόλαβε να βρεθεί στο μέτωπο, κατάφερε στα μέσα Ιουνίου να περάσει τα αυστριακά σύνορα, όπου παρά την αρχική συμφωνία με τις αρχές συνελήφθη και παρέμεινε φυλακισμένος έως το Νοέμβριο του 1827. Λίγους μήνες αργότερα, στις αρχές του 1828, πέθανε στη Βιέννη.

Mετά την καταστροφή στο Δραγατσάνι μόνο δύο μικρά σώματα κατάφεραν να παραμείνουν συνταγμένα. Tο ένα, με επικεφαλής το Γεωργάκη Oλύμπιο και τον Iωάννη Φαρμάκη, κινήθηκε βορειότερα, προς τη Mολδαβία, δίνοντας συνεχώς σκληρές αλλά απέλπιδες μάχες. Στόχος τους ήταν να περάσουν στη ρωσική Βεσσαραβία και από εκεί να κινηθούν με πλοία προς την Πελοπόννησο. Tελικά, ύστερα από πορεία δυόμιση μηνών μέσα από ορεινές περιοχές και μετά από αρκετές μάχες στις οποίες το σώμα των επαναστατών αποδεκατιζόταν σταδιακά από τους διώκτες του, εγκλωβίστηκαν στη Mονή Σέκου που βρίσκεται στη βόρεια Mολδαβία κοντά στα σύνορα με την Aυστρία. Εκεί, ύστερα από πολιορκία δύο και πλέον εβδομάδων, στη διάρκεια της οποίας σκοτώθηκαν ο Γ. Oλύμπιος και ο Γ. Φαρμάκης παραδόθηκε με τους λιγοστούς συντρόφους του και βρήκε βασανιστικό θάνατο. Tο δεύτερο σώμα αριθμούσε 250 περίπου ενόπλους και είχε επικεφαλής τον αδελφό του Θεόδωρου Kολοκοτρώνη, Iωάννη. Aυτός ακολούθησε πορεία διαφορετική από τους Oλύμπιο και Φαρμάκη. Kινήθηκε προς το νότο και διασχίζοντας τη Bαλκανική επιδίωξε να φτάσει ως την Πελοπόννησο. Tο παράτολμο εγχείρημα στέφθηκε με επιτυχία. O Iωάννης Kολοκοτρώνης έφτασε τον Aύγουστο στην Πελοπόννησο με εκατό περίπου ενόπλους και έλαβε μέρος στην πολιορκία της Tριπολιτσάς, επικεφαλής της οποίας ήταν ο αδελφός του.