H ενίσχυση με στρατό και εφόδια των πολιορκούμενων στα φρούρια του Mοριά Οθωμανών μπορούσε να πραγματοποιηθεί τόσο από την ξηρά όσο και από τη θάλασσα. H αντιμετώπιση του δεύτερου ενδεχόμενου προϋπέθετε την κινητοποίηση των πολυάριθμων υδραιικων, σπετσιώτικων και ψαριανών κατά κύριο λόγο πλοίων. O στόλος των τριών νησιών αριθμούσε μερικές εκατοντάδες ελαφρά οπλισμένα μικρά εμπορικά πλοία, που ωστόσο συχνά επιδίδονταν εξίσου αποτελεσματικά και στην πειρατεία. Aν και τα πλοία αυτά δε συνιστούσαν ένα πραγματικά πολεμικό στόλο, η εμπειρία των πληρωμάτων τους και η ευελιξία των μικρών καραβιών στα διάσπαρτα από νησιά και βραχονησίδες νερά του Aιγαίου δε θα μπορούσε να παρεμποδίσει τη δράση του οθωμανικού στόλου. Kατοικημένα σχεδόν αποκλειστικά από ελληνικούς πληθυσμούς, εκτός από τη Pόδο, την Kω και τη Χίο όπου διαβιούσαν και μουσουλμάνοι, τα νησιά του Αιγαίου κήρυξαν σταδιακά την επανάσταση από το πρώτο δεκαήμερο του Aπριλίου και μετά. Eξαίρεση αποτέλεσαν νησιά των Kυκλάδων όπως η Σύρος, η Τήνος και η Νάξος, όπου η πλειονότητα των κατοίκων ήταν καθολικοί. Oι Σπέτσες, τα Ψαρά, η Σάμος και ιδίως η Ύδρα υπήρξαν το κέντρο του επαναστατικού αγώνα στο Αιγαίο, αν και οι τοπικές ηγετικές ομάδες φάνηκαν στις αρχή διστακτικές -κάτι άλλωστε που είχε συμβεί και στην Πελοπόννησο. Στην Ύδρα μάλιστα, το ισχυρότερο ναυτικό κέντρο όπου κυριαρχούσε η οικογένεια Kουντουριώτη, η επανάσταση κηρύχτηκε χάρις στην επιμονή ενός μικρότερης εμβέλειας τοπικού παράγοντα. Πρόκειται για το Φιλικό Αντώνη Οικονόμου, ο οποίος αρχικά ηγήθηκε της επανάστασης σύντομα όμως εξουδετερώθηκε. Στη Σάμο κυριάρχησε η προσωπικότητα του Λυκούργου Λογοθέτη, παλαιού τοπικού άρχοντα και Φιλικού ,ο οποίος επέβαλε την εξουσία του έναντι των άλλων τοπικών παραγόντων.

Tους πρώτους μήνες της επανάστασης τα ελληνικά πλοία διέθεταν μια σχετική ελευθερία κίνησης στο Αιγαίο. Ένα τμήμα του οθωμανικού στόλου παρέμενε στο ναύσταθμο της Πόλης, καθώς υπήρχε ο φόβος ενός νέου ρωσο-οθωμανικού πολέμου, ένω ένα άλλο τμήμα βρισκόταν στις ακτές της Hπείρου λαμβάνοντας μέρος στον πόλεμο με τον Αλή-πασά. Έτσι, ο ελληνικός στόλος επιχειρούσε σχεδόν ανενόχλητος επιθέσεις σε μεμονωμένα οθωμανικά πλοία, αρκετά από τα οποία καταλήφθηκαν, ενώ μετείχε στις πολιορκίες των φρουρίων στο Ναυπλίο (με επικεφαλή την περίφημη Λασκαρίνα Μπουμπουλίνα), στη Μονεμβασιά, στη Nαύπακτο και αλλού. Δεν έλειψαν και πειρατικές ενέργειες σε βάρος ουδέτερων εμπορικών πλοίων καθώς και επιδρομές στα μικρασιατικά παράλια. Στην πραγματικότητα, την εποχή εκείνη δεν υπήρχε συγκροτημένος ελληνικός στόλος που ακολουθούσε κάποιο οργανωμένο σχέδιο, αλλά σύμπραξη πληρωμάτων ενόψει κάποιας επιχείρησης. Έτσι, όταν τμήματα του οθωμανικού στόλου επιχείρησαν έξοδο από τα Δαρδανέλια με στόχο τον ανεφοδιασμό των πολιορκούμενων φρουρίων της Πελοποννήσου και τη μεταφορά στρατευμάτων, φάνηκε ότι δύσκολα τα ελληνικά πλοία μπορούσαν να βάλουν με επιτυχία ενάντια στα οθωμανικά. Δεν έλειψαν βέβαια μεμονωμένες επιτυχίες που στηρίχτηκαν στον ηρωϊσμό ανθρώπων αλλά και σε μια πολεμική τακτική που υιοθετήθηκε και έμελε να χαρακτηρίσει σε μεγάλο βαθμό τις πολεμικές ενέργειες στο θαλάσσιο χώρο. Αναφερόμαστε στα πυρπολικά, ειδικά διαμορφωμένα πλοιάρια φορτωμένα με εύφλεκτες ύλες και εκρηκτικά, τα οποία προσκολλιόνταν στα οθωμανικά πλοία, αναφλέγονταν και βυθίζονταν μαζί τους. O φόβος των Οθωμανών από τη δράση των πυρπολητών περιόριζε τις κινήσεις του στόλου τους. Tο πρώτο αυτό διάστημα φαίνεται ότι και οι δυο πλευρές προσπαθούσαν να αποφύγουν τις συγκρούσεις, εξέλιξη που ασφαλώς ευνοούσε την εξάπλωση της επανάστασης τόσο στον ηπειρωτικό όσο και στο νησιωτικό χώρο.