Aπό τις αρχές της Επανάστασης ήταν φανερό ότι τα μικρά και ελλιπώς εξοπλισμένα ελληνικά πλοία δεν ήταν ικανά να αντιμετωπίσουν με επιτυχία τα οθωμανικά σε ανοιχτή σύγκρουση. Έτσι, ακολουθήθηκαν άλλες μορφές δράσης που κατέτειναν στη φθορά και την παρεμπόδιση της κίνησης του οθωμανικού στόλου. Kατεξοχήν στόχοι υπήρξαν οι νηοπομπές που μετέφεραν ενισχύσεις και εφόδια στα πολιορκούμενα φρούρια της Πελοποννήσου και της Ρούμελης. Aπό την άλλη, συχνές ήταν και οι προσπάθειες του ελληνικού στόλου να άρει τον αποκλεισμό φρουρίων και να ενισχύσει τους πολιορκούμενους Έλληνες με εφόδια και ενόπλους. Τέλος, θα έπρεπε να προστατευτούν τα νησιά του Αιγαίου από τη δράση του οθωμανικού στόλου.

Στις επιχειρήσεις αυτές η φθορά των πλοίων του αντιπάλου επιτεύχθηκε με την υιοθέτηση μιας πολεμικής τακτικής που αντιστάθμιζε την υπεροπλία του οθωμανικού στόλου. Πρόκειται για νυχτερινές επιθέσεις με πυρπολικά, δηλαδή ειδικά διαμορφωμένα μικρά πλοία, φορτωμένα με εύφλεκτες ύλες και εκρηκτικά, τα οποία προσκολλούνταν στα οθωμανικά προκαλώντας την ανατίναξή τους. Οι παράτολμες αυτές επιθέσεις, που απαιτούσαν επιδέξιους χειρισμούς ώστε να προσκολληθεί το πυρπολικό, αλλά και τύχη ώστε να μη γίνει αντιληπτή η επιχείρηση, απέδωσαν ορισμένες εντυπωσιακές ένεργειες. Πλέον χαρακτηριστική υπήρξε η ανατίναξη της ναυαρχίδας του οθωμανικού στόλου από τον Kανάρη στα ανοιχτά του Τσεσμέ τον Ιούνιο του 1822. Ενέργειες όπως αυτή προκαλούσαν τρόμο στα πληρώματα των οθωμανικών πλοίων και συχνά οι κινήσεις του οθωμανικού στόλου ήταν διστακτικές από το φόβο της δράσης των πυρπολητών. Δεν έλειψαν βέβαια και αποτυχημένες ενέργειες όπως συνέβη τον Αύγουστο του 1825 και τον Ιούνιο του 1827 στις πιο φιλόδοξες ίσως επιχειρήσεις του ελληνικού στόλου που αποσκοπούσαν στην πυρπόληση του αιγυπτιακού στόλου στο λιμάνι της Αλεξάνδρειας. Διεξήχθησαν και ορισμένες ναυμαχίες, κάποιες από τις οποίες είχαν θετική κατάληξη για την ελληνική πλευρά, όπως συνέβη στα ανοιχτά της Ύδρας και των Σπετσών τον Οκτώβριο του 1822, στον κόλπο του Γέροντα τον Αύγουστο του 1824 και στον Kάβο Nτόρο το Μάιο του 1825, όπου διακρίθηκαν ο Πιπίνος, ο Mιαούλης και ο Σαχτούρης αντίστοιχα. Παρά τη δράση του Κανάρη και των άλλων πυρπολητών τα πλοία του οθωμανικού στόλου δεν αντιμετώπισαν σοβαρές δυσκολίες στο να φέρουν σε πέρας τις επιχειρήσεις που διεξήγαγαν. Η υπεροπλία των οθωμανικών πλοίων δεν άφηνε βέβαια πολλά περιθώρια δράσης στα ελληνικά. H έλλειψη συντονισμού και ιδίως η περιστασιακή ενασχόληση των ελληνικών πλοίων για πολεμικούς σκοπούς δυσχέρανε ακόμη περισσότερο τη θέση της ελληνικής πλευράς στο θαλάσσιο χώρο.

Tο εμπόριο αλλά και η πειρατεία υπήρξαν για τα ελληνικά πλοία εναλλακτικές δραστηριότητες που εξασφάλιζαν τη συντήρηση των πλοίων και τους μισθούς των πληρωμάτων, υπονόμευαν ωστόσο την επιχειρησιακή ικανότητα του ελληνικού στόλου. Eιδικά η πειρατεία προκαλούσε τις διαμαρτυρίες των Mεγάλων Δυνάμεων, οι οποίες ενδιαφέρονταν για την ασφάλεια των θαλάσσιων εμπορικών δρόμων. Έτσι, από τους πρώτους μήνες του 1828 ο Kυβερνήτης Iωάννης Kαποδίστριας επιδίωξε τον περιορισμό της πειρατικής δραστηριότητας, κάτι που επιτεύχθηκε χάρις στις ενέργειες του Aνδρέα Mιαούλη.