Η κατάργηση των τριών περιφερειακών κυβερνήσεων ήταν η σημαντικότερη απόφαση που λήφθηκε στη διάρκεια των εργασιών της Β' Εθνοσυνέλευσης. Η εξέλιξη αυτή σήμαινε ότι τα όργανα της κεντρικής διοίκησης δε θα επιτελούσαν μόνο τη στοιχειώδη επικοινωνία και το συντονισμό της δράσης μεταξύ των επαναστατημένων περιοχών, όπως περίπου συνέβαινε έως τότε. Αποκτούσαν πλέον πραγματική εξουσία. Έτσι, οι διαφορετικές φατρίες και ομάδες συμφερόντων που λειτουργούσαν στους κόλπους της επανάστασης προσπάθησαν να ελέγξουν τα όργανα αυτά . Η Β' Εθνοσυνέλευση βρήκε τους μοραΐτες πρόκριτους (Λόντος, Ζαΐμης, Σισίνης, Δεληγιάννης κ.ά.) να κυριαρχούν στη Διοίκηση. Για να το πετύχουν, αποδυνάμωσαν το Μαυροκορδάτο και εξουδετέρωσαν το Νέγρη και τον Υψηλάντη. Εξάλλου, διευκολύνονταν από τη στάση αναμονής που τηρούσαν οι προύχοντες της Ύδρας και των Σπετσών. Η πολιτική τους ισχύς συμπληρωνόταν από τους φόρους της Πελοποννήσου, τους οποίους έλεγχαν και που αποτελούσαν έως τότε τη σημαντικότερη πηγή χρηματοδότησης της επανάστασης.

Η εσωτερική διαπάλη ωστόσο δεν είχε τερματιστεί. Η κατάργηση, την άνοιξη του 1823, του αξιώματος του αρχιστράτηγου που κατείχε ο Κολοκοτρώνης φανερώνει ότι τα όργανα της Διοίκησης χρησιμοποιούνταν για την αποδυνάμωση των πολιτικών αντιπάλων και την ενδυνάμωση των πολιτικών συμμάχων. Αυτή τη φορά στόχος ήταν ο Κολοκοτρώνης που μετά τις στρατιωτικές επιτυχίες είχε αναδειχτεί σε σημαντικό πολιτικό παράγοντα. Η ένταση παρέμενε ελεγχόμενη μέχρι το φθινόπωρο. Το Νοέμβριο του 1823 ωστόσο η ένταση κλιμακώθηκε, όταν ο Κολοκοτρώνης και ο Πετρόμπεης Μαυρομιχάλης εξεδίωξαν τους "πολιτικούς" από το Ναύπλιο και επιχείρησαν να σχηματίσουν δική τους Διοίκηση. Οι μοραΐτες πρόκριτοι κατέφυγαν στο Κρανίδι, ένα παραθαλάσσιο χωριό απέναντι από την Ύδρα, και σχημάτισαν νέα Διοίκηση συμμαχώντας με τους νησιώτες προεστούς. Σ' αυτή τη δεύτερη Διοίκηση, που ουσιαστικά ελεγχόταν από τους ισχυρούς οικονομικούς και πολιτικούς παράγοντες της Ύδρας Γεώργιο και Λάζαρο Κουντουριώτη, συμμετείχαν και οι Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος και Ιωάννης Κωλέττης. Ο πρώτος διατηρούσε σχέσεις με τον Μπάιρον και το φιλελληνικό Κομιτάτο του Λονδίνου και πέτυχε να γίνει αυτός αποδέκτης του δανείου. Με τα χρήματα αυτά ο Κωλέττης ενεργοποίησε τις σχέσεις που διατηρούσε με τους ρουμελιώτες και ετερόχθονες ενόπλους, που αποτέλεσαν έτσι το στρατό της Διοίκησης του Κρανιδίου. Η εμφύλια σύγκρουση είχε ήδη ξεσπάσει.