Στις μάχες που διεξήχθησαν την άνοιξη του 1824 οι ένοπλοι της Διοίκησης του Κρανιδίου αντιμετώπισαν με επιτυχία τους ενόπλους του Κολοκοτρώνη και επέβαλλαν την κυριαρχία των νησιωτών και πελοποννήσιων προυχόντων. Η παράδοση του Ναυπλίου στους νικητές, τους λεγόμενους κυβερνητικούς, στα τέλη Μαΐου με αντάλλαγμα ένα μέρος του δανείου φάνηκε ότι θα ακολουθούνταν από εκτόνωση της έντασης. Δε συνέβη όμως κάτι τέτοιο. Αυτή τη φορά η ένταση προκλήθηκε από τη δυσαρέσκεια στους κόλπους των κυβερνητικών. Η Διοίκηση ελεγχόταν από την οικογένεια Κουντουριώτη, τον Κωλέττη και το Μαυροκορδάτο που διέθεταν χρήματα, αξιόμαχο στράτευμα και φαινόταν ότι αναγνωριζόταν, έστω και ανεπίσημα, ως νόμιμη Διοίκηση. Οι μοραΐτες προύχοντες τοποθετούνταν στο περιθώριο. Η αντίδρασή τους ήταν να συμμαχήσουν με τον Κολοκοτρώνη, το μοναδικό πελοποννήσιο που μπορούσε να κινητοποιήσει και να ελέγξει έναν ικανό αριθμό ενόπλων. Έτσι, σύντομα η Πελοπόννησος μετατράπηκε ξανά σε πεδίο σφοδρών συγκρούσεων.

Τα ρουμελιώτικα στρατεύματα που εισέβαλαν στο Μοριά νίκησαν εύκολα τους πελοποννήσιους επιβάλλοντας οριστικά την κυριαρχία του Κουντουριώτη και των συμμάχων του. Οι ηττημένοι φυλακίστηκαν στην Ύδρα (Kολοκοτρώνης, Δεληγιάννης, Σισίνης) ή κατέφυγαν σε άλλες περιοχές (Λόντος, Ζαΐμης), ενώ οι ρουμελιώτες ένοπλοι επιδώθηκαν σε λεηλασίες, αρπαγές και καταστροφές σε αρκετές επαρχίες της Πελοποννήσου.Την ίδια εποχή, στις αρχές του 1825, ο Ιμπραήμ-πασάς επιβιβάστηκε ανενόχλητος στο Μοριά κι από την άνοιξη άρχισε να καταλαμβάνει τη μια επαρχία μετά την άλλη χωρίς να αντιμετωπίζει ιδιαίτερη αντίσταση. Άλλωστε, οι ρουμελιώτες οπλαρχηγοί είχαν επιστρέψει στις δικές τους επαρχίες, καθώς αναμενόταν νέα οθωμανική εκστρατεία και στη Pούμελη. Κάτω από το βάρος των δυσμενών για την επανάσταση εξελίξεων η Διοίκηση υποχρεώθηκε να απελευθερώσει τον Κολοκοτρώνη και τους πελοποννήσιους προύχοντες, καθώς ήταν οι μόνοι που θα μπορούσαν να κινητοποιήσουν τους ντόπιους, ώστε να εμποδιστεί η προέλαση του Ιμπραήμ. Σύντομα μάλιστα απέκτησαν και πάλι αξιώματα. Οι παλιές συμμαχίες διασπάστηκαν για μια ακόμη φορά και συγκροτήθηκαν νέες, συχνά από ανθρώπους που είχαν υπάρξει αντίπαλοι στη διάρκεια των εμφύλιων συγκρούσεων.