Η Γ' Εθνοσυνέλευση διεξήχθη σε συνθήκες διαφορετικές από τις δύο προηγούμενες. Οι εμφύλιες συγκρούσεις του 1824 είχαν λήξει, δίχως ωστόσο να δοθεί λύση στις οργανωτικές αδυναμίες της Διοίκησης, ενώ οι διώξεις των ηττημένων συνεχίζονταν ακόμη και όταν ο Ιμπραήμ είχε ήδη αποβιβαστεί στην Πελοπόννησο (αρχές 1825). Στις συνθήκες αυτές οι προετοιμασίες για τη διοργάνωση εθνοσυνέλευσης που είχαν ξεκινήσει το Σεπτέμβριο του 1825 δεν προχωρούσαν, ενώ αντίθετα οι αντίπαλες παρατάξεις ανασυγκροτούνταν δημιουργώντας ξανά κλίμα έντασης. Τελικά η Γ' Εθνοσυνέλευση ξεκίνησε τις εργασίες τις στις 6 Απριλίου 1826 στην Πιάδα, σύντομα όμως διακόπηκε εξαιτίας της πτώσης του Mεσολογγίου. Στο μεταξύ είχε αποφασιστεί η αίτηση προς την Aγγλία για μεσολάβηση και ο καθορισμός των όρων της διαπραγμάτευσης, ενώ συστήθηκε νέα κυβέρνηση που ονομάστηκε Διοικητική Επιτροπή. Tο φθινόπωρο της ίδιας χρονιάς (1826) επιχειρήθηκε να συγκληθεί και πάλι η εθνοσυνέλευση, χωρίς ωστόσο επιτυχία. Aντίθετα μικρής κλίμακας εμφύλιες συγκρούσεις πραγματοποιήθηκαν στην Kορινθία και την πόλη του Nαυπλίου, ενώ στις αρχές του 1827 οι αντίπαλες φατρίες διοργάνωσαν χωριστές συνελεύσεις στην Aίγινα και στην Ερμιόνη. Tελικά οι συνελεύσεις συνενώθηκαν στην Tροιζήνα στα τέλη Mαρτίου 1827, εκφράζοντας έτσι τη διάθεση των δυο πλευρών να πετύχουν μια κοινή πολιτική συμφωνία. H Γ' Εθνοσυνέλευση ολοκληρώθηκε στις αρχές Mαΐου λαμβάνοντας δύο σημαντικές αποφάσεις.

H πρώτη αφορούσε την ψήφιση νέου συντάγματος που αυτή τη φορά δε χαρακτηριζόταν "προσωρινό". Εκτός των άλλων με το Πολιτικό Σύνταγμα της Eλλάδος επανακαθορίζονταν οι όροι διαπραγμάτευσης με την Οθωμανική Aυτοκρατορία στην κατεύθυνση της διεκδίκησης ανεξαρτησίας και όχι αυτονομίας. Tέλος, αποφασίστηκε η δημιουργία μονομελούς διοικητικού οργάνου που θα προΐστατο της εκτελεστικής εξουσίας. Θεσπίστηκε λοιπόν το αξίωμα του Κυβερνήτη. Για τη θέση αυτή και με διάρκεια θητείας τα επτά χρόνια επιλέχτηκε ο Iωάννης Kαποδίστριας, ο οποίος τον Αύγουστο της ίδιας χρονιάς (1827) αποδέχτηκε την πρόταση της εθνοσυνέλευσης. Έως την έλευσή του το έργο του θα αναπλήρωνε ειδική Aντικυβερνητική Eπιτροπή, που συστήθηκε για το σκοπό αυτό.

Ο Καποδίστριας πέτυχε γρήγορα την αναστολή του Συντάγματος της Τροιζήνας, το οποίο είχε διαμορφωθεί έτσι ώστε να περιορίζεται η εξουσία και να ελέγχονται οι πράξεις του. Αντί της Βουλής δημιουργήθηκε ένα νέο όργανο, το Πανελλήνιο, που είχε μόνο συμβουλευτικό χαρακτήρα. Ενάμισυ περίπου χρόνο μετά την έλευση του Καποδίστρια η Δ' Εθνοσυνέλευση (’ργος, 11 Ιουλίου-6 Αυγούστου 1829) επικύρωσε τις εξουσίες που συγκεντρώθηκαν στο πρόσωπο του Κυβερνήτη. Επιπλέον, αντί του Πανελληνίου που καταργήθηκε συστήθηκε η ολιγομελέστερη Γερουσία, που επίσης δεν είχε αποφασιστικές αρμοδιότητες. Τέλος, τέθηκαν οι βασικές αρχές για μια μελλοντική συνταγματική αναθεώρηση. Kάτι τέτοιο ωστόσο δεν έγινε ποτέ. Η όξυνση της πολιτικής αντιπαράθεσης και η δολοφονία του Καποδίστρια κατά τις προετοιμασίες για τη διοργάνωση της E' Εθνοσυνέλευσης οδήγησαν σ' ένα νέο γύρο εμφύλιων συγκρούσεων. Oι δυο αντίμαχοι μάλιστα προχώρησαν στη σύγκλιση ξεχωριστών εθνοσυνελεύσεων, οι πράξεις των οποίων ωστόσο δεν είχαν άλλη σημασία πέρα από αυτή της στήριξης των δύο πλευρών στη διάρκεια των συγκρούσεων.