Στην Αυτοκρατορία της Τραπεζούντας σε ισχυρή δύναμη αναδείχθηκαν οι μεγάλες αριστοκρατικές οικογένειες, οι οποίες πολύ συχνά επισκίαζαν τους αυτοκράτορες και υπαγόρευαν τη διαδοχή στο θρόνο. Η ενδυνάμωση των μεγάλων ντόπιων οικογενειών ήρθε ως αποτέλεσμα της ανάπτυξης των γαιοκτησιών και της δυνατότητας ελέγχου των δρόμων της ενδοχώρας από τους μεγαλογαιοκτήμονες. Παράλληλα, οι ευγενείς των ανακτόρων, οι οποίοι προέρχονταν κυρίως από την οικογένεια των Σχολαρίων, εξέφραζαν μια πολιτική στάση φιλικά προσκείμενη στη Βυζαντινή Αυτοκρατορία. Οι συσχετισμοί δυνάμεων μεταξύ των οικογενειών μεταβάλλονταν και οι διαμάχες μεταξύ τους, που συχνά λάμβαναν διαστάσεις εμφύλιου πολέμου, ταλάνιζαν για μεγάλο διάστημα την αυτοκρατορία και εκτονώθηκαν μόνο με την επικράτηση του Αλεξίου Γ΄ Μεγάλου Κομνηνού.
Η ίδρυση του ποντιακού κράτους των Μεγάλων Κομνηνών ισχυροποίησε και τη θέση της Μητρόπολης Τραπεζούντος. Κατά καιρούς κάποιοι από τους Μεγάλους Κομνηνούς προσπάθησαν ανεπιτυχώς να αυτονομήσουν την Εκκλησία της Τραπεζούντας από το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Ωστόσο, η Μητρόπολη Τραπεζούντος κατείχε υψηλή θέση στην ιεραρχία των μητροπόλεων του Πατριαρχείου, ενώ διακεκριμένοι εκκλησιαστικοί άνδρες χρημάτισαν αρχιερείς της.
Παράλληλα, η μακρά μοναχική παράδοση του Πόντου αλλά και οι δαψιλείς χορηγίες των Μεγάλων Κομνηνών είχαν ως αποτέλεσμα την ανάπτυξη σημαντικών μονών στην ευρύτερη περιοχή και στην πόλη της Τραπεζούντας. Πέρα από λαμπρά θρησκευτικά καθιδρύματα οι μονές αυτές υπήρξαν κέντρα της οικονομικής και κοινωνικής ζωής, αλλά και της ανάπτυξης και διάσωσης του πολιτισμού.
Εκτός του Πόντου, οι αγιορείτικες Μονές Μεγίστης Λαύρας και Διονυσίου ακτινοβολούν ομοίως τη θρησκευτική παράδοση της περιοχής, η πρώτη καθώς ιδρύθηκε από τον όσιο Αθανάσιο τον Αθωνίτη και η δεύτερη ως λαμπρό καθίδρυμα του Αλεξίου Γ΄ Μεγάλου Κομνηνού.