Το Πατριαρχείο Αλεξανδρείας αποτελούσε έναν ελληνορθόδοξο πολιτισμικό πυρήνα στην περιοχή της Αιγύπτου και συνέδεε το χώρο αυτό με την Κωνσταντινούπολη, εντάσσοντάς τον στα ευρύτερα πολιτισμικά όρια της "κοινοπολιτείας" των ορθόδοξων λαών της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και της Ρωσίας. Το τοπικό ποίμνιο, όμως, περιοριζόταν, την περίοδο πριν τη γαλλική εισβολή (1798), στους κόπτες και στις ολιγάνθρωπες συγκεντρώσεις ατόμων ελληνικής καταγωγής στην περιοχή του Δέλτα του ποταμού Νείλου. Ο Γάλλος Maillet, στο Description de l' Egypte (1735) αναφέρει πως στην τελευταία δεκαετία του 17ου αι. υπήρχαν λιγοστοί Έλληνες στο Κάιρο, τη Δαμιέτη, τη Ροζέτα και ακόμα λιγότεροι στην Αλεξάνδρεια.
Ένας πυρήνας πολεμιστών ελληνικής καταγωγής έδρασε, από τα μέσα του 18ου αι., κοντά στους μαμελούκους, τους καυκασιανούς και γεωργιανούς πρώην σκλάβους των μπέηδων της Αιγύπτου που είχαν ουσιαστικά στα χέρια τους την εξουσία, ως ναύτες και πυροβολητές για να περάσει στο πλευρό των Γάλλων μετά την εισβολή του Ναπολέοντα (1798).
Το κύριο όμως κύμα ελλήνων εμπόρων στην Αίγυπτο άρχισε από την εποχή της γαλλικής κατοχής και διογκώθηκε όταν ο Μωχάμετ ΄Αλη πήρε την εξουσία, οπότε και απαντούν σταθερές εμπορικές εγκαταστάσεις Ελλήνων, κυρίως στην Αλεξάνδρεια. Με το τέλος της εκστρατείας του στην Πελοπόννησο (1825 - 1827) και του Απελευθερωτικού Αγώνα των Ελλήνων, ο Ιμπραήμ μετέφερε στην Αίγυπτο έναν μεγάλο αριθμό ελλήνων αιχμαλώτων - σκλάβων.
Η Αίγυπτος αποτελούσε, από τις αρχές του 16ου αι., μέρος της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, υπό την πραγματική όμως εξουσία των μαμελούκων πασάδων. Το 1798 ο στρατός του Ναπολέοντα εισέβαλε στην Αλεξάνδρεια και μετά τη "Μάχη των Πυραμίδων" έγινε κάτοχος όλης της περιοχής. Μετά τη ναυμαχία του Aboukir και την ήττα τους από τον αγγλικό στόλο οι Γάλλοι αποκλείστηκαν στην Αίγυπτο. Τον Οκτώβριο του 1799 ο Ναπολέων αναγκάστηκε να επιστρέψει στη Γαλλία αφήνοντας τη διοίκηση στο στρατηγό Kleber και μετά τη δολοφονία αυτού, στο στρατηγό Menou. Τελικά οι Γάλλοι υπό την πίεση του αγγλικού στρατού, αναγκάστηκαν να συνθηκολογήσουν (1801) και να επιστρέψουν στην πατρίδα τους.
Μετά από αυτά τα γεγονότα και ενώ η οθωμανική διοικητική μηχανή δεν είχε καμία ουσιαστική εξουσία στην περιοχή, μέσα από μία σειρά διεργασιών και μια περίοδο διοικητικής αναρχίας, ένας αλβανός μισθοφόρος, ο Μωχάμετ 'Αλη, κατέλαβε οριστικά την εξουσία (1811),αφού πρώτα εξόντωσε τους Μαμελούκους.Ο ίδιος προσπάθησε να εκσυγχρονίσει το κράτος και το στρατό του, να εκμεταλλευτεί μονοπωλιακά τους πόρους της περιοχής και να τονώσει το εξαγωγικό εμπόριο.
Το κλίμα θρησκευτικής ανοχής που επέβαλε ο Μωχάμετ ΄Αλη αλλά και η εμπορική επικοινωνία με τα λιμάνια της Μεσογείου, που είχε οργανωθεί από την εποχή της γαλλικής κατοχής και του Ηπειρωτικού Αποκλεισμού, στάθηκαν ευνοϊκοί παράγοντες για τη μόνιμη πλέον εγκατάσταση ελλήνων εμπόρων και ναυτικών στην περιοχή. Μέσα από τις τάξεις των ανθρώπων αυτών ο νέος ηγεμόνας φρόντισε να επανδρώσει το στόλο, τα εργοστάσια και την Αυλή του. Οι Έλληνες για τους οποίους μιλάμε ήταν ήδη ενεργοί ως έμποροι, όταν εγκαταστάθηκαν στην Αίγυπτο, και κατάγονταν από ανάλογες περιοχές με εμπορική παράδοση (Ήπειρος, Αιγαίο, Ιόνια νησιά, ελληνικές παροικίες του εξωτερικού).
Η πολυαριθμότερη ελληνική Kοινότητα κατά τη διάρκεια του 17ου και 18ου αι. βρισκόταν στο Κάιρο. Από τη δεύτερη δεκαετία του 19ου αι. παρουσιάζεται μεγαλύτερη συγκέντρωση Ελλήνων στην Αλεξάνδρεια. Η επίσημη ίδρυση της ελληνικής Κοινότητας Αλεξάνδρειας και η έναρξη της οργανωμένης δράσης της τοποθετούνται στα 1843 κι εξής. Έτσι η ιστορική της εξέλιξη βρίσκεται εκτός των χρονικών ορίων αυτής της μελέτης.
Ο Μωχάμετ ΄Αλη είχε παραχωρήσει μια σειρά προνομίων που υποστηρίχθηκαν από κάποιους θεσμικούς νεoτερισμούς προς τους χριστιανούς που είχαν εγκατασταθεί στο κράτος του. Οι χριστιανοί μπορούσαν πλέον να φορούν χρωματιστά και ευρωπαϊκά ρούχα, να χρησιμοποιούν άλογα, επέτρεψε τη χρήση καμπανών στους ναούς και από το 1825 τη δημόσια ιερουργία από τους αρχηγούς των διαφόρων θρησκειών. Ακόμα ίδρυσε εμπορικό δικαστήριο, με συμμετοχή και δικαστών ευρωπαϊκής καταγωγής, στην Αλεξάνδρεια και από το 1826 στο Κάιρο, στο οποίο συμμετείχαν δύο έλληνες καθολικοί και δύο ορθόδοξοι δικαστές.
Η ύπαρξη του Πατριαρχείου και ενός πληθυσμού κοπτών βοήθησαν ώστε να εξελιχθεί ένα δίκτυο ναών με απολήξεις σε κάθε πόλη όπου υπήρχε συγκέντρωση ορθοδόξων. Η πατριαρχική έδρα βρισκόταν στο Κάιρο, αρχικά στο ναό του Αγίου Μάρκου, ο οποίος υπήρχε στη συνοικία του Χάρετ ελ Ρουμ. Στο Κάιρο έδρευε επίσης ο ναός του Αγίου Νικολάου στο Χαμζάουι, ο οποίος ανοικοδομήθηκε το 1839 με έξοδα πλουσίων εμπόρων της Αιγύπτου και της Ρωσίας. Εκεί μεταφέρθηκε η έδρα του πατριάρχη, μόλις απομακρύνθηκε από το ναό του Αγ. Μάρκου. Στην ίδια πόλη υπήρχε και η Μονή του Αγ. Γεωργίου, ιδρυμένη από τον πατριάρχη Ιωαννίκιο (1645- 1657).
Η Μονή του Αγίου Σάββα έδρευε στην Αλεξάνδρεια, ενώ στη Δαμιέτη, έδρα του επισκόπου Ταμιάθεως, η οποία υπαγόταν στη Μονή Σινά , υπήρχε ο ναός του Αγίου Νικολάου.
Πρέπει να σημειωθεί ότι οι ελληνικής καταγωγής ομάδες δεν είχαν οργανωθεί σε επίσημες θεσμοθετημένες κοινότητες κατά την εποχή που εξετάζουμε. Μόνη μαρτυρία για παραχώρηση ιδιαίτερων προνομίων σε πληθυσμό ελληνικής καταγωγής ήταν η εκχώρηση χωριστού νεκροταφείου για τους Κρητικούς του Καΐρου το 1638.
Μέχρι τις αρχές του 19ου αι. η μόνη άξια λόγου παροικία βρισκόταν στο Κάιρο. Εκεί βρισκόταν και η έδρα του Πατριαρχείου Αλεξανδρείας, από την εποχή που πατριάρχης ήταν ο Ηλίας Α΄(963- 1000). Λίγες οικογένειες με προέλευση από τον ελληνικό χώρο ζούσαν στη Δαμιέτη και στη Ροζέτα και ελάχιστες στην Αλεξάνδρεια. Σύμφωνα με στοιχεία που προέρχονται από εκκλησιαστικά έγγραφα, το 1799 τελέστηκαν 20 γάμοι ορθοδόξων, από τους οποίους οι 11 ήταν αραβόφωνων. Οι μόνιμα εγκατεστημένοι, ελληνικής καταγωγής, ήταν τεχνίτες, μικροεπαγγελματίες και έμποροι, πλαισιώνονταν όμως από αρκετούς περαστικούς εμπόρους και ναυτικούς. Κατά το 17ο αι. στη συντεχνία των χρυσοχόων τα 40 από τα 60 μέλη ήταν ελληνικής καταγωγής, από τα οποία τα άτομα που προέρχονταν από την Κρήτη οργανωμένα ξεχωριστά.
Από το 1811, όταν την εξουσία ανέλαβε οριστικά ο Μωχάμετ ΄Αλη, το ενδιαφέρον των Ελλήνων μετατοπίστηκε προς το λιμάνι της Αλεξάνδρειας.
Ο Μωχάμετ ΄Αλη χρησιμοποίησε έλληνες τεχνίτες για να ναυπηγήσει 28 πλοία, στο Σουέζ, για το στόλο του. Η μεγάλη εισροή εμπόρων που απέβλεπαν σε μόνιμη εγκατάσταση άρχισε μετά το 1815. Το 1816 έφτασαν 30 άτομα από τη Ρωσία. Το 1819 έφτασε στην Αλεξάνδρεια ο Μιχ. Τοσίτσας, έμπορος από το Μέτσοβο, με δράση στη Θεσσαλονίκη και την Καβάλα. Η ηγεσία των ελληνικών Kοινοτήτων πέρασε πλέον από το Πατριαρχείο στα χέρια των ελλήνων εμπόρων.
Μέχρι να δημιουργηθεί στο θεσμικό πεδίο η ελληνική Κοινότητα της Αλεξάνδρειας, το εκπαιδευτικό και φιλανθρωπικό έργο βρισκόταν αποκλειστικά στα χέρια της εκκλησίας. Οι πρώτες μαρτυρίες για ύπαρξη κάποιου σχολείου, φέρουν τον Μελέτιο Πηγά, πατριάρχη Αλεξάνδρειας, κατά την περίοδο 1590- 1601, να ιδρύει μοναστηριακή σχολή στη Μονή του Αγ. Σάββα και να διδάσκει ο ίδιος μαζί με τον αρχιδιάκονο Μάξιμο. Η μονή κάηκε το 1625 και επί πατριαρχίας Ιωαννικίου (1645- 1657), άρχισε να λειτουργεί σχολείο στη Μονή Αγ. Γεωργίου. Η λειτουργία του συνεχίστηκε ως την εποχή του πατριάρχη Κυπριανού (1766- 1783). Σχολείο υπό την εποπτεία του Πατριαρχείου λειτούργησε και στη Δαμιέτη.
Κατά την περίοδο 1601 - 1604 το θρόνο του Πατριαρχείου Αλεξανδρείας κατέλαβε ο Κύριλλος Λούκαρης, προσωπικότητα με ισχυρό χαρακτήρα και ευρείες θεολογικές και πνευματικές ανησυχίες. Διατήρησε αλληλογραφία με αρκετούς Δυτικούς, φορείς των ιδεών της Μεταρρύθμισης, αλλά και συνέχισε το έργο του (θείου του) Μελέτιου Πηγά στο Πατριαρχείο Αλεξάνδρειας. Τελικά ο Λούκαρης πέρασε στο θρόνο του Οικουμενικού Πατριαρχείου, το 1621, ανοίγοντας ένα νέο κεφάλαιο στην εκκλησιαστική ορθόδοξη ζωή.
Πάντως η πρώτη οργανωμένη κίνηση για λειτουργία ελληνικού σχολείου πραγματοποιήθηκε μόλις οργανώθηκε η Kοινότητα στην Αλεξάνδρεια. Με τη στήριξη των αδερφών Τοσίτσα και του Ν. Στουρνάρη ιδρύθηκε το Σχολείο "των Γραικών", που στο εξής αποτέλεσε το σπουδαιότερο εκπαιδευτικό ίδρυμα της παροικίας.
Κατά την εποχή που εξετάζουμε, φιλανθρωπική δράση είχε αναπτύξει μόνο το Πατριαρχείο. Η οικονομική του στήριξη εξαρτιόταν κυρίως από τις προσφορές των Ρώσων ηγεμόνων, αλλά και από μια σειρά άλλων πηγών: από την ελληνική Αδελφότητα της Βενετίας και τους ηγεμόνες της Μολδοβλαχίας, μέχρι εντελώς ξένες πηγές, όπως τη Μαρία Στιούαρτ της Βρετανίας, η οποία προσέφερε ένα ποσό στο Μητροπολίτη Αρσένιο που την επισκέφτηκε στο Λονδίνο (1772), ως εντολοδόχος του Πατριαρχείου Αλεξανδρείας.
Στη Μονή του Αγ. Γεωργίου λειτουργούσε ξενώνας-νοσοκομείο για τη βοήθεια ξένων επισκεπτών και τη στέγαση των περαστικών εμπόρων. Το ίδιο και στη Μονή του Αγ. Σάββα στην Αλεξάνδρεια. Νοσοκομείο μαρτυρείται ότι λειτουργεί στη Δαμιέτη επί πατριαρχίας Παϊσίου (1657- 1678). Τέλος ο Πατριάρχης Θεόφιλος Γ' δώρισε, το 1812, στην ελληνική παροικία της Αλεξάνδρειας οικόπεδο για την ανέγερση σύγχρονου νοσοκομείου, το οποίο κτίστηκε στη δεκαετία του 1820.
Κατά τη διάρκεια της γαλλικής κατοχής και του ταυτόχρονου αγγλικού αποκλεισμού, οι Γάλλοι χορήγησαν ατέλεια και αμοιβή σε όποιον μετέφερε στην Αίγυπτο τα προϊόντα που είχε ανάγκη ο γαλλικός στρατός. Αυτό ήταν και το πρώτο βήμα στην εξοικείωση των ελλήνων εμπόρων με τα αιγυπτιακά λιμάνια.
Μέχρι τη στιγμή της μόνιμης εγκατάστασης εμπόρων στην περιοχή και την άνοδο του Μωχάμετ 'Αλη στην εξουσία, κυριαρχούσε η αντίθεση ανάμεσα στα υπό διαμόρφωση εμπορικά στρώματα και στο οθωμανικό σύστημα: συντεχνιακή οργάνωση, αυθαίρετη φορολογία, νομισματική αναρχία, ανασφάλεια για άτομα και περιουσίες.
Οι παραγωγοί των βιοτεχνικών και αγροτικών κέντρων της υπαίθρου δεν ακολουθούσαν πλέον τη ροή των προϊόντων τους αλλά έρχονταν σε επαφή με ξένους εμπόρους. Η συνεργασία και οι πιστώσεις των Ευρωπαίων επέτρεψαν και στους Έλληνες να περάσουν σε ένα εμπόριο μεγαλύτερης κλίμακας. Η Αίγυπτος ήταν, παράλληλα, μια περιοχή με αδύναμες αστικές δομές, χωρίς μόνιμο σύστημα εμπορικής εκμετάλλευσης από τους Ευρωπαίους. Αντίθετα οι Έλληνες επωφελήθηκαν από τους δεσμούς που είχαν στην περιοχή και κυρίως από τους Nαπολεόντειους Πολέμους για να παίξουν σπουδαίο ρόλο στο εξωτερικό εμπόριο και τις θαλάσσιες μεταφορές της οθωμανικής ανατολικής Μεσογείου.
Τα υποκαταστήματα που ιδρύθηκαν στους χώρους των παροικιών σχημάτισαν ένα δίκτυο με κοινούς εμπορικούς προσανατολισμούς που αποτέλεσε ταυτόχρονα ένα κλειστό πιστωτικό σύστημα. Οι έμποροι που έφτασαν στην Αίγυπτο προέρχονταν από τα νησιά του Αιγαίου, όπου είχε αναπτυχθεί ανάλογη δραστηριότητα (κυρίως τη Χίο) και από τις ορεινές περιοχές, όπου είχε αναπτυχθεί βιοτεχνική δραστηριότητα το 18ο αιώνα . Έφτασαν στην Αλεξάνδρεια έχοντας ήδη δικά τους κεφάλαια, ή έστω την πιστωτική κάλυψη του εμπορικού κυκλώματος στο οποίο ανήκαν.
Την περίοδο 1815- 1830, υπήρξε αστάθεια στο νεοσχηματισμένο κύκλωμα, στο εξής όμως επήλθε σταθεροποίηση, αφού οι έλληνες ανταγωνίστηκαν ισχυρά τους ευρωπαίους και άλλους εμπόρους, εκμεταλλευόμενοι την υπηκοότητα του ελληνικού κράτους, όσοι δεν βρίσκονταν υπό την προστασία των δυτικών κρατών.
Από τα μέσα, περίπου, του 18ου αι. οι έλληνες ναυτικοί είχαν αρχίσει να εξοικειώνονται με το θαλάσσιο δρόμο νοτιοανατολικό Αιγαίο (Δωδεκάνησα) - Κύπρος - Αλεξάνδρεια. Ταυτόχρονα τα ναυτικά νησιά, όπως η Ύδρα, είχαν εξοικειωθεί με τους υπόλοιπους δρόμους της Μαύρης Θάλασσας (Οδησσός) και της Μεσογείου προς τα λιμάνια της Ιταλίας και της Γαλλίας.
Στην ίδια την Αίγυπτο, κέντρα όπως η Δαμιέτη και η Αλεξάνδρεια δρούσαν ως χώροι υποδοχής προϊόντων που ακολουθούσαν την οδό Ινδία- Συρία- Λίβανος- Αίγυπτος, αλλά και της αγροτικής παραγωγής του Δέλτα του Νείλου.
Οι έλληνες έμποροι έφερναν στην Αλεξάνδρεια καπνά (από τη Θεσσαλονίκη και την Καβάλα), σαπούνι και ελαιόλαδο (από την Κρήτη), ξερά σύκα και ρετσίνι (από την Κω και τη Ρόδο), μετάξι (από την Κύπρο και τη Θεσσαλονίκη).
Από την Αίγυπτο με προορισμό τα λιμάνια της Μεσογείου (Μασσαλία, Τεργέστη, Κωνσταντινούπολη, Σμύρνη, Θεσσαλονίκη) εξάγονταν βοδινά δέρματα χοντρά υφάσματα του τύπου που χρησιμοποιούσαν οι Βεδουίνοι, λινά, άνθος κρόκου, χέννα, αμμωνιακό άλας, γόμα, κερί , ρύζι, ζάχαρη και κυρίως κατεργασμένα βαμβακερά, βαμβάκι και σιτάρι. Ο Μωχάμετ 'Αλη προσπάθησε να ελέγξει μονοπωλιακά όλη την εμπορική κίνηση. Η φορολογία καταβαλλόταν σε είδος και απαγορευόταν στους ξένους εμπόρους να αγοράζουν κατευθείαν από τους παραγωγούς. Αντίθετα, μπορούσαν να προμηθεύονται προϊόντα μόνο από τον ίδιο. Επίσης αποφάσισε να εξάγει μόνο μεταποιημένα προϊόντα, ερχόμενος σε σύγκρουση με τις ξένες εμπορικές δυνάμεις που ενδιαφέρονταν για πρώτες ύλες.
Οι έμποροι που έφτασαν στην Αίγυπτο κατά τη δεκαετία του 1820, είχαν ήδη πολυετή πείρα και γνώση των πραγμάτων στην περιοχή. Θα μπορούσαμε να παρακολουθήσουμε την πορεία ορισμένων ενδεικτικών περιπτώσεων.
Ο Κωνσταντίνος Τοσίτσας γνώριζε το Μωχάμετ 'Αλη από την εποχή που εμπορευόταν καπνά στην Καβάλα. Έφτασε στην Αλεξάνδρεια το 1819 χρεοκοπημένος. Ένα χρόνο αργότερα έφτασε από τη Θεσσαλονίκη και ο αδερφός του Μιχαήλ, ο οποίος πέρα από το εμπόριο έδρασε και ως σύμβουλος του ηγεμόνα. Κατάφερε να γίνει διευθυντής των κτημάτων και των μονοπωλίων του Μωχάμετ 'Αλη, συνδιευθυντής της πρώτης αιγυπτιακής κρατικής τράπεζας, διευθυντής της ποταμοπλοϊκής εταιρείας του και να διατηρεί και τον εμπορικό οίκο "Αφοι Τοσίτσα- Ν. Στουρνάρης". Τέλος διετέλεσε και γενικός πρόξενος της Ελλάδας στην Αίγυπτο. Ο τρίτος αδερφός, Κωνσταντίνος είχε αναπτύξει εμπορικές δραστηριότητες και στο Λιβόρνο.
Προσωπικός φίλος του αιγύπτιου ηγεμόνα από παλαιότερα ήταν και ο Ι. Δ. Αναστάσης. Έφτασε και αυτός χρεοκοπημένος, κατάφερε όμως να δημιουργήσει περιουσία και έγινε πρόξενος της Σουηδίας στην Αλεξάνδρεια.
Οι αδερφοί Κασσαβέτη, με καταγωγή από τη Ζαγορά έδρασαν ως έμποροι στη Σύρο. Ο Δημήτριος δραστηριοποιήθηκε στην Αλεξάνδρεια ως υπάλληλος σε ελληνικό εμπορικό οίκο. Από το 1818 ξεκίνησαν τη δική τους επιχείρηση με αρχικό κεφάλαιο 50,000 λίρες.
Οι Έλληνες του Καΐρου συσπειρώθηκαν εξ αρχής στις περιοχές της Τζουανίας (στην περιφέρεια της Γκαμαλίας), στη Χάρετ ελ Ρουμ, μια οδό κοντά στο Διοικητήριο, όπου υπήρχε ο ναός του Αγ. Μάρκου και αρχικά η έδρα του Πατριαρχείου και στο Χαμζάουι, κοντά στην περιοχή της παλιάς πόλης, όπου αργότερα μεταφέρθηκε και η πατριαρχική έδρα.
Από την τρίτη δεκαετία του 19ου αιώνα, όταν δηλαδή το εμπορικό κύκλωμα των Ελλήνων σταθεροποιήθηκε στην Αλεξάνδρεια, άρχισαν να αναπτύσσονται τάσεις εξευρωπαϊσμού: χτίζουν σπίτια κατά τα ευρωπαϊκά πρότυπα και επαύλεις, εγκαταλείπουν τα χάνια και ανοίγουν καταστήματα. Ακολουθούν τις δυτικές συνήθειες στο ντύσιμο και τη συμπεριφορά.
Κατά τη διάρκεια της γαλλικής κατοχής, ο Ναπολέοντας τήρησε πολιτική ίσων αποστάσεων ανάμεσα στις εθνοθρησκευτικές ομάδες. Εξαρχής οι Γάλλοι εκμεταλλεύτηκαν στοιχεία του προϋπάρχοντος μηχανισμού: ο χιώτης Βαρθολομαίος Σέρα ανέλαβε την αρχηγία ενός σώματος ασφαλείας.
Μετά την ήττα στο Aboukir και το στενό αποκλεισμό, οι Γάλλοι θέλησαν να ενισχύσουν το στρατό τους, χρησιμοποιώντας ντόπια στοιχεία. Με τη διαταγή της 27/10/1798 ο Ναπολέων σχημάτισε 3 ελληνικούς λόχους υπό την ηγεσία του "λοχαγού Νικολού" Παπάζογλου, ενός πρώην ανώτερου αξιωματικού (ρεΐς) του ναυτικού των Μαμελούκων. Ο διοικητής Kleber, υπό την πίεση των αμέσων αναγκών, ενίσχυσε τη δύναμη των ελληνικών λόχων. Η "Ελληνική Λεγεών" είχε ενθουσιάσει στο Παρίσι τον Κοραή, ο οποίος έχυσε αρκετό μελάνι για την εξύμνησή της. Με την υποχώρηση, τους Γάλλους ακολούθησαν ο Νικολός Παπάζογλου και οι αξιωματικοί της Λεγεώνας.
Ο μετέπειτα ηγεμόνας της Αιγύπτου χρησιμοποίησε στον εκσυγχρονισμό του κράτους του τους Έλληνες ως γιατρούς και αξιωματούχους. Πέρα από τις περιπτώσεις που αναφέρθηκαν παραπάνω, τοποθέτησε τον Αθανάσιο Καζούλη, από τη Χίο, διευθυντή του νομισματοκοπείου του και ελεγκτή της ανώτερης δημοσιονομικής του διοίκησης.
Τα μηνύματα της Φιλικής Εταιρείας έφτασαν και στην Αλεξάνδρεια ένα χρόνο πριν την έναρξη του Απελευθερωτικού Αγώνα. Ο Μωχάμετ 'Αλη ήταν ενήμερος της κίνησης, από τις πληροφορίες του Κωνσταντίνου Τοσίτσα. Έδειξε ανοχή όμως, αφού τον ίδιο συνέφερε ό,τι αποδυνάμωνε την κεντρική οθωμανική διοίκηση. Έτσι σχηματίστηκε μια επιτροπή από τους έλληνες εμπόρους της Αλεξάνδρειας που ανέλαβε την αποστολή προμηθειών στους αγωνιστές της Πελοποννήσου.
Με την υπόσχεση της οθωμανικής Πύλης όμως για παραχώρηση του πασαλικιού της Πελοποννήσου στον γιο του Ιμπραήμ, ο Μωχάμετ 'Αλη έστειλε στρατεύματα στην Πελοπόννησο το 1825. Ο Ιμπραήμ κυρίευσε και λεηλάτησε την περιοχή. Μετά τη ναυμαχία του Ναυαρίνου (20 Oκτωβρίου 1827) και την καταστροφή του στόλου του Ιμπραήμ, οι αιγυπτιακές δυνάμεις αποχώρησαν, μεταφέροντας μαζί τους ένα μεγάλο αριθμό χριστιανών σκλάβων- αιχμαλώτων από την Πελοπόννησο. Το ζήτημα απασχόλησε το ελληνικό προξενείο στην Αίγυπτο επί σειρά ετών. Παρόλο που η σύμβαση της 6ης Aυγούστου 1828 προέβλεπε την απελευθέρωση των αιχμαλώτων, πολλοί κρατήθηκαν ή παρέμειναν με τη θέλησή τους, αφήνοντας στην Πελοπόννησο συγγενείς που αγνοούσαν την τύχη τους.
Πάντως καθ' όλη τη διάρκεια του Αγώνα, οι έλληνες έμποροι δεν αντιμετώπισαν προβλήματα στις σχέσεις τους με την αιγυπτιακή διοίκηση και έμειναν προσκολλημένοι σε μια νοοτροπία πρωτοεθνικού επιπέδου, χωρίς να αναπτυχθεί στις τάξεις τους η εθνικιστική ιδεολογία που αναπτύχθηκε στην Οδησσό, το Παρίσι ή την Τεργέστη.