Για τα είδη φυτών και ζώων που καλλιεργούσαν οι πρώτοι γεωργοί της Θεσσαλίας και των άλλων περιοχών βασική πηγή αποτελούν οι σπόροι και το οστεολογικό υλικό που προέρχεται από τις ανασκαμμένες θέσεις. Η συστηματική μελέτη των οργανικών αυτών καταλοίπων γίνεται από ειδικούς επιστήμονες (Παλαιοεθνοβοτανολογίας και Ζωοαρχαιολογίας) τα τελευταία χρόνια και έχει πλουτίσει τις γνώσεις μας σε σχέση με τη διατροφή του νεολιθικού ανθρώπου.

Τα λείψανα φυτών που ανευρίσκονται στις ανασκαφές περιλαμβάνουν σπόρους, σταχίδια, λέπυρα και ραχίδια σε απανθρακωμένη μορφή, η οποία οφείλεται σε πυρκαγιά του χώρου που φυλάσσονταν (αποθηκευτικοί χώροι, φούρνοι). Η μορφολογία των απανθρακωμένων σπόρων έχει μεταβληθεί σε αρκετό βαθμό (ελάττωση του μήκους και αύξηση του πλάτους και του πάχους τους) αλλά όχι τόσο που να είναι αδύνατη η αναγνώρισή τους. Η εύρεση των σπόρων επιτυγχάνεται με τη μέθοδο της επίπλευσης, που μπορεί να περιγραφεί ως εξής: σε μία ειδική συσκευή (νεροκόσκινο), που περιέχει νερό, ρίχνουν χώμα που προέρχεται από αρχαιολογικό στρώμα και το αναταράσσουν. Τα ελαφρύτερα οργανικά κατάλοιπα που επιπλέουν στην επιφάνειά του (σπόροι, μικρά οστά, όστρεα) αλλά και τα βαρύτερα μαζεύονται σε κόσκινα με τρύπες ανάλογης διαμέτρου, ώστε να τα συγκρατήσουν. Έτσι είναι δυνατόν να συγκεντρωθούν στοιχεία που δε φαίνονται με γυμνό μάτι κατά τη διάρκεια της ανασκαφής. Οι σπόροι που συγκεντρώνονται με τη μέθοδο της επίπλευσης αποτελούν ένα αξιόπιστο δείγμα, χρήσιμο για την ασφαλή εκτίμηση της συγκομιδής της χρονιάς που έγινε η καταστροφή και την ανασύσταση της γεωργικής οικονομίας του οικισμού. Η αναγνώριση του είδους των προϊστορικών σπόρων γίνεται με μικροσκόπιο και βασίζεται στην αναλυτική καταγραφή όλων των λεπτομερειών της μορφολογίας τους και την προσεκτική σύγκρισή τους με σπόρους νωπών φυτών του ίδιου είδους.

Οι γνώσεις μας για την κτηνοτροφία και την αλιεία προέρχονται από τη μελέτη των οστών ζώων και ψαριών αντίστοιχα. Η αναγνώριση ορισμένων μορφολογικών χαρακτηριστικών των οστών και των δοντιών των ζώων βοηθά στη διαπίστωση του είδους και της ηλικίας του σφαγμένου ζώου και παρέχει ασφαλείς ενδείξεις για την ανασύσταση της κτηνοτροφικής οικονομίας. Έτσι, γνωρίζουμε ότι στη Νεολιθική εποχή τα είδη εξημερωμένων ζώων που χρησιμοποιούσαν ήταν τα αιγοπρόβατα, οι χοίροι, τα βοοειδή και οι σκύλοι. Η αναγνώριση της νεαρής ηλικίας σφαγής και η υψηλή αναλογία αρσενικών στα περισσότερα οστεολογικά υλικά που προέρχονται από ανασκαφές υποδηλώνουν ότι η εκτροφή των ζώων γινόταν βασικά για το κρέας τους και δευτερευόντως για το γάλα ή το μαλλί. Παράλληλα, χρησιμοποιούσαν τα οστά των ζώων για να κατασκευάσουν οστέινα εργαλεία (οπείς, σπάτουλες κ.ά.) και τα κέρατα των αιγών για να φτιάξουν στειλεούς για τη στειλέωση των λειασμένων (πελέκεις, αξίνες κ.ά.) και λαξεμένων εργαλείων (λεπίδες). Σπανιότερα, χρησιμοποιούσαν τα δόντια άγριων ζώων ή των κυνιδών για την κατασκευή κοσμημάτων. Εκτιμάται επίσης ότι ο σκύλος σφαζόταν και αυτός για το κρέας του μέχρι την εποχή του Χαλκού, οπότε έχουμε ενδείξεις ότι η βρώση του σκύλου παρουσιάζει κάμψη, γεγονός που ίσως συνδέεται με την πολιτιστική απαγόρευση της κυνοφαγίας (είδος ταμπού).

Από τα γνωστά είδη ψαριών ο νεολιθικός άνθρωπος προτίμησε τον τόνο (Πευκάκια, Σπηλιά του Κίτσου, Φράγχθι), το ροφό (Πευκάκια, ’γιος Πέτρος), το μαγιάτικο (’γιος Πέτρος, Σάλιαγκος), την τσιπούρα (Πευκάκια, Γιούρα), τον μπακαλιάρο (σπηλιά του Κίτσου), ενώ σε παραθαλάσσιους οικισμούς η διατροφή του συμπληρωνόταν και με μεγαλύτερα ψάρια, όπως τον καρχαρία, τη φάλαινα και τη θαλάσσια χελώνα caretta-caretta. Από τα μαλάκια προτιμήθηκαν τα γαστερόποδα πατελίδες και τροχίδες αλλά και μία μεγάλη ποικιλία άλλων ειδών, όπως τα σκαφόποδα, τα κεφαλόποδα και τα εχινόδερμα. Η ποικιλία πάντως είναι μεγάλη, αφού 20-30 είδη ανευρίσκονται συνήθως σε μία μόνο αρχαιολογική θέση. Πολλά από τα όστρεα των μαλάκιων κατεργάζονταν και χρησιμοποιούνταν για κοσμήματα.